Mówiła innym, jak mają wychowywać dzieci, tymczasem swoje oddała do rodziny zastępczej. Maria Montessori miała również ciemną stronę

Uczyła innych, jak wychowywać i postępować z dziećmi, jednak swojego syna nie zdecydowała się wychowywać. Oddała go na wieś do rodziny zastępczej, a sama zajęła się swoją karierą i podróżowaniem, które miało na celu szerzenie jej poglądów wychowawczych. Maria miała romans z lekarzem Giuseppe Montesano. Mężczyzna był dyrektorem Szkoły Ortodoksyjnej w Rzymie. Zaszła z nim w ciążę a ich syn urodził się 31 marca 1898 roku. Nazwano go Mario. Maria obawiała się, że ślub z Giuseppe spowoduje, że przestanie pracować i rozwijać się zawodowo, że stanie się zwykłą kurą domową. Zdecydowali się zachować swoje relacje w tajemnicy. Ukrywała również ciążę.

Wiedziała o niej tylko najbliższa rodzina i kilku znajomych. Montessori zdecydowała się utrzymywać bliskie relacje z ojcem dziecka pod warunkiem, że nie poślubi innej kobiety. Giuseppe się jednak zakochał i ożenił. Maria poczuła się zdradzona i oszukana. Opuściła szpital uniwersytecki i oddała syna do rodziny zastępczej. Czas od czasu go odwiedzała, przedstawiając się jako jego ciocia. Skupiła się na rozwoju swojej kariery. Syn zamieszkał z nią, dopiero gdy miał około 13 lat. Przedstawiała go wszystkim jako siostrzeńca. Otrzymał nazwisko Montessori, a nie Montesano. Oficjalnie został uznany z jej syna dopiero po jej śmierci w 1952 roku. Gdy nastąpiło odczytanie testamentu, wyszło na jaw, że lata temu porzuciła swoje dziecko, a później próbowała odzyskać z nim kontakt.

Syn był doskonałym asystentem do badań i wspólnikiem w interesie. W 1929 roku założyli Stowarzyszenie Montessori Internationale (AMI). Maria umarła na krwotok mózgowy w wieku 81 lat. Trzykrotnie została nominowana do Nagrody Nobla. Po jej śmierci, Mario kontynuował wizję swojej matki. Ich organizacja z siedzibą w Amsterdamie do dziś szkoli i akredytuje placówki oświatowo-wychowawcza na całym świecie.